[2024년 적용] 기술혁신형 M&A에 대한 주식등 취득기간 확대 외

 

1. 기술혁신형 M&A에 대한 주식 등 취득기간 확대

 

내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식 등 인수시 과세특례 적용을 위한 취득기간이 최초취득일부터 해당 사업연도의 다음 사업연도 종료일까지로 확대 되었습니다. 

(단, 최초 취득일이 속하는 사업연도 내 지분율요건 충족시 해당 사업연도 종료일까지)

 

 

내국법인이 세액공제를 받기 위해서는 주식등을 취득한 사업연도의 종료일 현재 피인수 법인 지분의 50%(경영권 인수시 지분 30%) 초과 취득해야 하는데, 이 기간이 확대된 것이구요,

 

취득한 주식 등의 매입가액 중 기술가치금액에 대해 10%의 세액공제가 적용됩니다. 

 

 

■ 관련법령(조특법 제12조의 4, 조특령 제11조의 4)

 

제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 “인수법인”이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 “피인수법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 취득한 주식등이 제2호의 기준지분비율을 최초로 초과하는 사업연도(이하 이 조에서 “기준충족사업연도”라 한다)의 법인세에서 공제한다. <개정 2014. 12. 23., 2015. 12. 15., 2016. 12. 20., 2017. 12. 19., 2018. 12. 24., 2021. 12. 28., 2023. 12. 31.>   1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 “최초취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것   2. 인수법인이 최초취득일이 속하는 사업연도 내에 또는 최초취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 종료일까지 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 “기준지분비율”이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 기준충족사업연도의 종료일까지 보유할 것   3. 인수법인이 최초취득일부터 기준충족사업연도의 종료일까지 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것     가. 기준충족사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130     나. 최초취득일부터 기준충족사업연도의 종료일까지 취득한 주식등이 기준충족사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 “당초지분비율”이라 한다)   4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 “주주등”이라 한다)가 기준충족사업연도의 종료일에 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것   5. 피인수법인이 기준충족사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것   ② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 “현재지분비율”이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. <개정 2015. 12. 15., 2018. 12. 24., 2023. 6. 20.>   1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우   2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우   3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.     가. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우     나. 「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우     다. 제13조제1항제1호에 따른 벤처투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다)   ③ 제1항제5호 및 제2항제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.   ④ 제1항 및 제2항에 따른 매입가액 및 피인수법인의 순자산시가의 계산, 지배주주등의 범위, 종전에 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.   ⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다.   [본조신설 2014. 1. 1.]

 

제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 “인수법인”이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 “피인수법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 취득한 주식등이 제2호의 기준지분비율을 최초로 초과하는 사업연도(이하 이 조에서 “기준충족사업연도”라 한다)의 법인세에서 공제한다. <개정 2014. 12. 23., 2015. 12. 15., 2016. 12. 20., 2017. 12. 19., 2018. 12. 24., 2021. 12. 28., 2023. 12. 31.>   1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 “최초취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것   2. 인수법인이 최초취득일이 속하는 사업연도 내에 또는 최초취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 종료일까지 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 “기준지분비율”이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 기준충족사업연도의 종료일까지 보유할 것   3. 인수법인이 최초취득일부터 기준충족사업연도의 종료일까지 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것     가. 기준충족사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130     나. 최초취득일부터 기준충족사업연도의 종료일까지 취득한 주식등이 기준충족사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 “당초지분비율”이라 한다)   4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 “주주등”이라 한다)가 기준충족사업연도의 종료일에 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것   5. 피인수법인이 기준충족사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것   ② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 “현재지분비율”이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. <개정 2015. 12. 15., 2018. 12. 24., 2023. 6. 20.>   1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우   2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우   3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.     가. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우     나. 「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우     다. 제13조제1항제1호에 따른 벤처투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다)   ③ 제1항제5호 및 제2항제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.   ④ 제1항 및 제2항에 따른 매입가액 및 피인수법인의 순자산시가의 계산, 지배주주등의 범위, 종전에 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.   ⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다.   [본조신설 2014. 1. 1.]

 

 

 

2. 기술혁신형 M&A에 대한 세액공제 적용 시 기술가치금액 상향

 

2024년 1월 1일부터 합병 또는 인수하는 분부터 세액공제 범위가 확대됩니다.

 

양도가액 - (피합병·인수법인의 순자산시가 * 120%)

 

 

■ 관련법령(조특령 제11의3③, 조특령 제11의 4④)

 

제11조의3(기술혁신형 합병에 대한 세액공제) ① 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다. <개정 2016. 2. 5., 2020. 2. 11., 2022. 2. 15.>   1. 합병등기일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업   2. 합병등기일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업   3. 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업   4. 합병등기일까지 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업     가. 「산업기술혁신 촉진법」 제15조의2제1항에 따른 신기술 인증     나. 「보건의료기술 진흥법」 제8조제1항에 따른 보건신기술 인증     다. 「산업기술혁신 촉진법」 제16조제1항에 따른 신제품 인증     라. 「제약산업 육성 및 지원에 관한 법률」 제7조제2항에 따른 혁신형 제약기업 인증     마. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제18조제1항에 따른 선정     바. 「의료기기산업 육성 및 혁신의료기기 지원법」 제10조에 따른 혁신형 의료기기기업의 인증     사. 그 밖에 가목부터 바목까지와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 인증 등   ② 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인을 말한다. <개정 2019. 2. 12.>   ③ 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기술가치 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 합병법인이 선택한 금액을 말한다. <개정 2017. 2. 7., 2019. 2. 12., 2022. 2. 15., 2024. 2. 29.>   1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 합병등기일 전후 3개월 이내에 피합병법인이 보유한 특허권, 실용신안권 및 기획재정부령으로 정하는 기술비법 또는 기술(이하 이 조 및 제11조의4에서 “특허권등”이라 한다)을 평가한 금액의 합계액. 이 경우 그 합계액은 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액에서 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가를 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.   2. 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액에서 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가의 100분의 120을 뺀 금액   ④ 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에 따른 양도가액은 「법인세법 시행령」 제80조제1항제2호에 따른 금액으로 한다.   ⑤ 법 제12조의3제1항제2호와 이 영 제3항에 따른 피합병법인의 순자산시가는 합병등기일 현재의 피합병법인의 자산총액(특허권등의 가액을 제외한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 한다. <개정 2017. 2. 7.>   ⑥ 삭제 <2022. 2. 15.>   ⑦ 삭제 <2022. 2. 15.>   ⑧ 법 제12조의3제1항제3호에서 “대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 또는 출자자” 및 같은 조 제2항제1호에서 “대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등”이란 각각 피합병법인의 「법인세법 시행령」 제43조제3항 및 제7항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다. <개정 2018. 2. 13., 2023. 2. 28.>   1. 「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌인 혈족   2. 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자   ⑨ 법 제12조의3제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 합병법인의 지배주주등의 범위에 관하여는 「법인세법 시행령」 제43조제3항 및 제7항을 준용한다.   ⑩ 법 제12조의3제1항제4호 및 같은 조 제2항제2호에 따른 합병법인의 사업 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2제7항을 준용한다. <개정 2020. 2. 11.>   ⑪ 법 제12조의3제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다.   ⑫ 법 제12조의3제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 같은 조 제1항에 따라 공제받은 세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2019. 2. 12., 2022. 2. 15.>   1. 공제받은 사업연도 종료일의 다음 날부터 납부사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 종료일까지의 기간   2. 제11조의2제9항제2호에 따른 율   ⑬ 법 제12조의3제3항에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 합병법인이 파산하거나 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계 받은 자산을 처분한 경우를 말한다.   ⑭ 법 제12조의3제1항에 따라 세액공제를 받으려는 내국법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.   [본조신설 2014. 2. 21.][종전 제11조의3은 제11조의2로 이동 <2014. 2. 21.>]